The use of marker haplotypes in animal breeding schemes

Abstract

L'utilisation d'haplotypes marqueurs dans les schemas de selection animaux. L'information sur des haplotypes de marqueurs a ete utilisee pour augmenter les gains genetiques dans des schemas de selection a noyaux fermes. De tels schemas ont ete simules sur dix generations separees: d'abord cinq generations de selection classique (non assistee par marqueur) puis cinq generations de selection assistee par marqueur (SAM). La transmission des alleles au locus quantitatif (QTL) etait suivie par des haplotypes marqueurs avec une probabilite 1 - r. L'accent etait mis sur les gains genetiques supplementaires obtenus lors des premieres generations de SAM, puisque l'on a suppose que de nouveaux QTL etaient continuellement detectes. Dans la premiere generation de SAM, le gain genetique etait accru de 8,8 et 38 %, selon que le controle de la performance intervenait avant la mise a la reproduction (par exemple une selection sur la vitesse de croissance) ou apres (par exemple la fertilite), et sous l'hypothese d'un QTL marque expliquant 33 % de la variance genetique et avec r = 0,1. Le gain genetique supplementaire diminuait avec le nombre de generations de SAM puisque la variance du QTL etait de plus en plus exploitee. Les reponses supplementaires dues a SAM augmentaient plus que proportionnellement a la variance du QTL et augmentaient a mesure que l'heritabilite decroissait. Quand r augmentait de 0,05 a 0,2, le gain genetique de SAM ne diminuait que de 7,7% (avec un controle apres la mise a la reproduction). La SAM etait a peu pres egalement efficace pour des caracteres exprimes dans un seul sexe que pour des caracteres exprimes dans les deux sexes. Dans le cas d'un caractere de carcasse, mesure apres abattage, les gains de reponse atteignaient 64 %. Pour un caractere mesure apres la mise a la reproduction, les gains genetiques additionnels augmentaient notablement avec le nombre de descendants par mere, parce que les marqueurs rendaient alors possible une selection intrafamille. On conclut que les gains dus a MAS peuvent etre importants quand il y a detection continue de nouveaux QTL et que le controle de performance se fait apres la mise a la reproduction.