CoChat
Sign Up
Cited by 265Advanced Proteomics Techniques and ApplicationsAdvanced Biosensing Techniques and ApplicationsRedox biology and oxidative stress

Phosphoproteomics in the Age of Rapid and Deep Proteome Profiling

Open access
Riley, Nicholas M., Coon, Joshua J.·2016·Analytical Chemistry
DOI 10.1021/acs.analchem.5b04123PMC PMC4790442
Open this paper in CoChat — free account

Abstract

ADVERTISEMENT RETURN TO ISSUEPREVReviewNEXTPhosphoproteomics in the Age of Rapid and Deep Proteome ProfilingNicholas M. Riley†‡ and Joshua J. Coon*†‡§View Author Information† Genome Center of Wisconsin, University of Wisconsin-Madison, Madison, Wisconsin 53706, United States‡ Department of Chemistry, University of Wisconsin-Madison, Madison, Wisconsin 53706, United States§ Department of Biomolecular Chemistry, University of Wisconsin-Madison, Madison, Wisconsin 53706, United States*E-mail: [email protected]Cite this: Anal. Chem. 2016, 88, 1, 74–94Publication Date (Web):November 5, 2015Publication History Published online19 November 2015Published inissue 5 January 2016https://doi.org/10.1021/acs.analchem.5b04123Copyright © 2015 American Chemical SocietyRIGHTS & PERMISSIONSACS AuthorChoiceArticle Views9413Altmetric-Citations172LEARN ABOUT THESE METRICSArticle Views are the COUNTER-compliant sum of full text article downloads since November 2008 (both PDF and HTML) across all institutions and individuals. These metrics are regularly updated to reflect usage leading up to the last few days.Citations are the number of other articles citing this article, calculated by Crossref and updated daily. Find more information about Crossref citation counts.The Altmetric Attention Score is a quantitative measure of the attention that a research article has received online. Clicking on the donut icon will load a page at altmetric.com with additional details about the score and the social media presence for the given article. Find more information on the Altmetric Attention Score and how the score is calculated. Share Add toView InAdd Full Text with ReferenceAdd Description ExportRISCitationCitation and abstractCitation and referencesMore Options Share onFacebookTwitterWechatLinked InReddit PDF (6 MB) Get e-AlertsSUBJECTS:Cell and molecular biology,Fragmentation,Peptides and proteins,Post-translational modification,Proteomics Get e-Alerts

The claims and statistics of this paper haven’t been checked yet.

Run the check — free, no account needed. It reads the open-access text and checks the sources it cites.

A few free checks a day · papers already verified open instantly · results are public

Integrity signals

Registry

Crossref · 10.1021/acs.analchem.5b04123

Cites

10 of 10 references verified0 citation errors · 0 not checkable

Statistics

Claims the paper makes

The claims and statistics of this paper haven’t been checked yet.

Run the check — free, no account needed. It reads the open-access text and checks the sources it cites.

A few free checks a day · papers already verified open instantly · results are public

Claims other papers make about this one

Each is checked against this paper’s own text: does it say what the citing paper says it does?

  • AI-based analytical methods are increasingly used for enrichment, site identification, and functional network modeling of PTMs.

    “Given the complexity and low abundance of many PTMs, AI-based analytical methods are increasingly used for enrichment, site identification, and functional network modeling139,169,178,179.”

    From Artificial intelligence-driven multi-omics approaches in Alzheimer's disease: Progress, challenges, and future directions (2025) · cites this paper as [179]

    In “Post-Acquisition Processing and Informatics” (page not available), the paper describes algorithms for phosphosite localization and support vector machines and trained logic models for interpreting phosphoproteomic data and signaling networks. But its “Enrichment Strategies” section describes affinity-based laboratory methods, not AI-based enrichment. The source therefore supports computational site analysis and aspects of network modeling, but not the full claim that AI-based methods are increasingly used across all three tasks. (LLM, conf=0.84)

    Experimental — accuracy not yet measured

Self-check

Percentages, sums and reported differences re-computed from the paper’s own numbers.

The self-check needs the paper’s full text.

Cites

Flagged first, then by citations

Research works printed but not linked: 275

  1. Cohen P. Eur. J. Biochem. 2001, 268, 5001– 5010. 10.1046/j.0014-2956.2001.02473.x. 11589691 · DOI
  2. Thorner J.; Hunter T.; Cantley L. C.; Sever R. Cold Spring Harbor Perspect. Biol. 2014, 6, a022913 10.1101/cshperspect.a022913. PMC4292159 25359498 · DOI
  3. Johnson L. N. Biochem. Soc. Trans. 2009, 37, 627– 641. 10.1042/BST0370627. 19614568 · DOI
  4. Manning G.; Plowman G. D.; Hunter T.; Sudarsanam S. Trends Biochem. Sci. 2002, 27, 514– 520. 10.1016/S0968-0004(02)02179-5. 12368087 · DOI
  5. Moorhead G. B. G.; De Wever V.; Templeton G.; Kerk D. Biochem. J. 2009, 417, 401– 409. 10.1042/BJ20081986. 19099538 · DOI
  6. Macek B.; Mann M.; Olsen J. V. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2009, 49, 199– 221. 10.1146/annurev.pharmtox.011008.145606. 18834307 · DOI
  7. Engholm-Keller K.; Larsen M. R. Proteomics 2013, 13, 910– 931. 10.1002/pmic.201200484. 23404676 · DOI
  8. Solari F. A.; Dell’Aica M.; Sickmann A.; Zahedi R. P. Mol. BioSyst. 2015, 11, 1487– 1493. 10.1039/C5MB00024F. 25800119 · DOI
  9. Olsen J. V.; Mann M. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3444– 3452. 10.1074/mcp.O113.034181. 24187339 PMC3861698 · DOI
  10. Doll S.; Burlingame A. L. ACS Chem. Biol. 2015, 10, 63– 71. 10.1021/cb500904b. 25541750 PMC4301092 · DOI
  11. Nilsson C. L. Anal. Chem. 2012, 84, 735– 746. 10.1021/ac202877y. 22043985 · DOI
  12. Cohen P. Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 596– 601. 10.1016/S0968-0004(00)01712-6. 11116185 · DOI
  13. Kanshin E.; Tyers M.; Thibault P. J. Proteome Res. 2015, 14, 2998– 3004. 10.1021/acs.jproteome.5b00404. 26040406 · DOI
  14. Mertins P.; Yang F.; Liu T.; Mani D. R.; Petyuk V. A.; Gillette M. A.; Clauser K. R.; Qiao J. W.; Gritsenko M. A.; Moore R. J.; Levine D. A.; Townsend R.; Erdmann-Gilmore P.; Snider J. E.; Davies S. R.; Ruggles K. V.; Fenyo D.; Kitchens R. T.; Li S.; Olvera N.; Dao F.; Rodriguez H.; Chan D. W.; Liebler D.; White F.; Rodland K. D.; Mills G. B.; Smith R. D.; Paulovich A. G.; Ellis M.; Carr S. A. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 1690– 1704. 10.1074/mcp.M113.036392. 24719451 PMC4083109 · DOI
  15. Loroch S.; Dickhut C.; Zahedi R. P.; Sickmann A. Electrophoresis 2013, 34, 1483– 1492. 10.1002/elps.201200710. 23576030 · DOI
  16. Beltran L.; Cutillas P. R. Amino Acids 2012, 43, 1009– 1024. 10.1007/s00726-012-1288-9. 22821267 · DOI
  17. Yang C.; Zhong X.; Li L. Electrophoresis 2014, 35, 3418– 3429. 10.1002/elps.201400017. 24687451 PMC4849134 · DOI
  18. Wang Z.-G.; Lv N.; Bi W.-Z.; Zhang J.-L.; Ni J.-Z. ACS Appl. Mater. Interfaces 2015, 7, 8377– 8392. 10.1021/acsami.5b01254. 25845677 · DOI
  19. Batalha I. L.; Lowe C. R.; Roque A. C. A. Trends Biotechnol. 2012, 30, 100– 110. 10.1016/j.tibtech.2011.07.004. 21944550 · DOI
  20. Dickhut C.; Feldmann I.; Lambert J.; Zahedi R. P. J. Proteome Res. 2014, 13, 2761– 2770. 10.1021/pr401181y. 24724590 · DOI
  21. Tran B. Q.; Hernandez C.; Waridel P.; Potts A.; Barblan J.; Lisacek F.; Quadroni M. J. Proteome Res. 2011, 10, 800– 811. 10.1021/pr100951t. 21166477 · DOI
  22. Wiśniewski J. R.; Mann M. Anal. Chem. 2012, 84, 2631– 2637. 10.1021/ac300006b. 22324799 · DOI
  23. Bian Y.; Ye M.; Song C.; Cheng K.; Wang C.; Wei X.; Zhu J.; Chen R.; Wang F.; Zou H. J. Proteome Res. 2012, 11, 2828– 2837. 10.1021/pr300242w. 22468782 · DOI
  24. Gilmore J. M.; Kettenbach A. N.; Gerber S. A. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 402, 711– 720. 10.1007/s00216-011-5466-5. 22002561 PMC3592360 · DOI
  25. Glatter T.; Ludwig C.; Ahrné E.; Aebersold R.; Heck A. J. R.; Schmidt A. J. Proteome Res. 2012, 11, 5145– 5156. 10.1021/pr300273g. 23017020 · DOI
  26. Bian Y.; Song C.; Cheng K.; Dong M.; Wang F.; Huang J.; Sun D.; Wang L.; Ye M.; Zou H. J. Proteomics 2014, 96, 253– 262. 10.1016/j.jprot.2013.11.014. 24275569 · DOI
  27. Giansanti P.; Aye T. T.; van den Toorn H.; Peng M.; van Breukelen B.; Heck A. J. R. Cell Rep. 2015, 11, 1834– 1843. 10.1016/j.celrep.2015.05.029. 26074081 · DOI
  28. Zhou H.; Ye M.; Dong J.; Corradini E.; Cristobal A.; Heck A. J. R.; Zou H.; Mohammed S. Nat. Protoc. 2013, 8, 461– 480. 10.1038/nprot.2013.010. 23391890 · DOI
  29. Tsai C.-F.; Hsu C.-C.; Hung J.-N.; Wang Y.-T.; Choong W.-K.; Zeng M.-Y.; Lin P.-Y.; Hong R.-W.; Sung T.-Y.; Chen Y.-J. Anal. Chem. 2014, 86, 685– 693. 10.1021/ac4031175. 24313913 · DOI
  30. Lai A. C.-Y.; Tsai C.-F.; Hsu C.-C.; Sun Y.-N.; Chen Y.-J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012, 26, 2186– 2194. 10.1002/rcm.6327. 22886815 · DOI
  31. Sun Z.; Hamilton K. L.; Reardon K. F. Anal. Biochem. 2014, 445, 30– 37. 10.1016/j.ab.2013.09.025. 24096195 PMC3909987 · DOI
  32. Abelin J. G.; Trantham P. D.; Penny S. A.; Patterson A. M.; Ward S. T.; Hildebrand W. H.; Cobbold M.; Bai D. L.; Shabanowitz J.; Hunt D. F. Nat. Protoc. 2015, 10, 1308– 1318. 10.1038/nprot.2015.086. 26247297 PMC4640213 · DOI
  33. Fukuda I.; Hirabayashi-Ishioka Y.; Sakikawa I.; Ota T.; Yokoyama M.; Uchiumi T.; Morita A. J. Proteome Res. 2013, 12, 5587– 5597. 10.1021/pr400546u. 24245541 · DOI
  34. Zhao X.; Wang Q.; Wang S.; Zou X.; An M.; Zhang X.; Ji J. J. Proteome Res. 2013, 12, 2467– 2476. 10.1021/pr301061q. 23663014 · DOI
  35. Kanshin E.; Michnick S. W.; Thibault P. J. Proteome Res. 2013, 12, 2905– 2913. 10.1021/pr400198e. 23607784 · DOI
  36. Vilasi A.; Fiume I.; Pace P.; Rossi M.; Pocsfalvi G. J. Mass Spectrom. 2013, 48, 1188– 1198. 10.1002/jms.3254. 24259207 · DOI
  37. Matheron L.; van den Toorn H.; Heck A. J. R.; Mohammed S. Anal. Chem. 2014, 86, 8312– 8320. 10.1021/ac501803z. 25068997 · DOI
  38. Ruprecht B.; Koch H.; Medard G.; Mundt M.; Kuster B.; Lemeer S. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 205– 215. 10.1074/mcp.M114.043109. 25394399 PMC4288255 · DOI
  39. Yue X.; Schunter A.; Hummon A. B. Anal. Chem. 2015, 87, 8837– 8844. 10.1021/acs.analchem.5b01833. 26237447 PMC4766865 · DOI
  40. Kettenbach A. N.; Gerber S. A. Anal. Chem. 2011, 83, 7635– 7644. 10.1021/ac201894j. 21899308 PMC3251014 · DOI
  41. Di Palma S.; Zoumaro-Djayoon A.; Peng M.; Post H.; Preisinger C.; Munoz J.; Heck A. J. R. J. Proteomics 2013, 91, 331– 337. 10.1016/j.jprot.2013.07.024. 23917254 · DOI
  42. Giansanti P.; Stokes M. P.; Silva J. C.; Scholten A.; Heck A. J. R. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3350– 3359. 10.1074/mcp.O113.028456. 23882029 PMC3820945 · DOI
  43. Jackson S. S.; Coughlin E. E.; Coon J. J.; Miyamoto S. Protein Expression Purif. 2013, 92, 48– 53. 10.1016/j.pep.2013.08.020. PMC3893115 24012789 · DOI
  44. Searleman A. C.; Iliuk A. B.; Collier T. S.; Chodosh L. A.; Tao W. A.; Bose R. Electrophoresis 2014, 35, 3463– 3469. 10.1002/elps.201400022. 24723360 PMC4193948 · DOI
  45. Iliuk A.; Jayasundera K.; Wang W.-H.; Schluttenhofer R.; Geahlen R. L.; Tao W. A. Int. J. Mass Spectrom. 2015, 377, 744– 753. 10.1016/j.ijms.2014.08.032. 25954137 PMC4417941 · DOI
  46. Liu W.; Zheng J.; Li S.; Wang R.; Lin Z.; Yang H. J. Mater. Chem. B 2015, 3, 6528– 6535. 10.1039/C5TB01055A. 32262560 · DOI
  47. Hoehenwarter W.; Thomas M.; Nukarinen E.; Egelhofer V.; Röhrig H.; Weckwerth W.; Conrath U.; Beckers G. J. M. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 369– 380. 10.1074/mcp.M112.020560. 23172892 PMC3567860 · DOI
  48. Hennrich M. L.; van den Toorn H. W. P.; Groenewold V.; Heck A. J. R.; Mohammed S. Anal. Chem. 2012, 84, 1804– 1808. 10.1021/ac203303t. 22303813 · DOI
  49. Lombardi B.; Rendell N.; Edwards M.; Katan M.; Zimmermann J. G. EuPa Open Proteomics 2015, 6, 10– 15. 10.1016/j.euprot.2015.01.002. 25893165 PMC4398868 · DOI
  50. Dong M.; Ye M.; Cheng K.; Song C.; Pan Y.; Wang C.; Bian Y.; Zou H. J. Proteome Res. 2012, 11, 4673– 4681. 10.1021/pr300503z. 22871156 · DOI
  51. Zhou H.; Di Palma S.; Preisinger C.; Peng M.; Polat A. N.; Heck A. J. R.; Mohammed S. J. Proteome Res. 2013, 12, 260– 271. 10.1021/pr300630k. 23186163 · DOI
  52. Engholm-Keller K.; Birck P.; Størling J.; Pociot F.; Mandrup-Poulsen T.; Larsen M. R. J. Proteomics 2012, 75, 5749– 5761. 10.1016/j.jprot.2012.08.007. 22906719 · DOI
  53. Zarei M.; Sprenger A.; Gretzmeier C.; Dengjel J. J. Proteome Res. 2012, 11, 4269– 4276. 10.1021/pr300375d. 22768876 · DOI
  54. Loroch S.; Zahedi R. P.; Sickmann A. Anal. Chem. 2015, 87, 1596– 1604. 10.1021/ac502708m. 25405705 · DOI
  55. Alpert A. J.; Hudecz O.; Mechtler K. Anal. Chem. 2015, 87, 4704– 4711. 10.1021/ac504420c. 25827581 PMC4423237 · DOI
  56. Loroch S.; Schommartz T.; Brune W.; Zahedi R. P.; Sickmann A. Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2015, 1854, 460– 468. 10.1016/j.bbapap.2015.01.006. 25619855 · DOI
  57. Ye X.; Li L. Electrophoresis 2014, 35, 3479– 3486. 10.1002/elps.201300586. 24888630 · DOI
  58. Wang L.; Pan L.; Tao W. A. Anal. Chem. 2014, 86, 6741– 6747. 10.1021/ac501641u. 24941108 PMC4215862 · DOI
  59. Magdeldin S.; Yamamoto K.; Yoshida Y.; Xu B.; Zhang Y.; Fujinaka H.; Yaoita E.; Yates J. R.; Yamamoto T. J. Proteome Res. 2014, 13, 1636– 1646. 10.1021/pr401122m. 24495006 PMC3993965 · DOI
  60. Batth T. S.; Francavilla C.; Olsen J. V. J. Proteome Res. 2014, 13, 6176– 6186. 10.1021/pr500893m. 25338131 · DOI
  61. Yue X.-S.; Hummon A. B. J. Proteome Res. 2013, 12, 4176– 4186. 10.1021/pr4005234. 23927012 · DOI
  62. Fleitz A.; Nieves E.; Madrid-Aliste C.; Fentress S. J.; Sibley L. D.; Weiss L. M.; Angeletti R. H.; Che F.-Y. Anal. Chem. 2013, 85, 8566– 8576. 10.1021/ac401691g. 23889490 PMC3841110 · DOI
  63. Michalski A.; Damoc E.; Lange O.; Denisov E.; Nolting D.; Müller M.; Viner R.; Schwartz J.; Remes P.; Belford M.; Dunyach J.-J.; Cox J.; Horning S.; Mann M.; Makarov A. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, O111.013698 10.1074/mcp.O111.013698. PMC3316736 22159718 · DOI · Paper page
  64. Michalski A.; Damoc E.; Hauschild J.-P.; Lange O.; Wieghaus A.; Makarov A.; Nagaraj N.; Cox J.; Mann M.; Horning S. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M111.011015 10.1074/mcp.M111.011015. PMC3284220 21642640 · DOI · Paper page
  65. Syka J. E. P.; Marto J. A.; Bai D. L.; Horning S.; Senko M. W.; Schwartz J. C.; Ueberheide B.; Garcia B.; Busby S.; Muratore T.; Shabanowitz J.; Hunt D. F. J. Proteome Res. 2004, 3, 621– 626. 10.1021/pr0499794. 15253445 · DOI
  66. Senko M. W.; Remes P. M.; Canterbury J. D.; Mathur R.; Song Q.; Eliuk S. M.; Mullen C.; Earley L.; Hardman M.; Blethrow J. D.; Bui H.; Specht A.; Lange O.; Denisov E.; Makarov A.; Horning S.; Zabrouskov V. Anal. Chem. 2013, 85, 11710– 11714. 10.1021/ac403115c. 24251866 · DOI
  67. Richards A. L.; Hebert A. S.; Ulbrich A.; Bailey D. J.; Coughlin E. E.; Westphall M. S.; Coon J. J. Nat. Protoc. 2015, 10, 701– 714. 10.1038/nprot.2015.040. 25855955 PMC6434932 · DOI
  68. Erickson B. K.; Jedrychowski M. P.; McAlister G. C.; Everley R. A.; Kunz R.; Gygi S. P. Anal. Chem. 2015, 87, 1241– 1249. 10.1021/ac503934f. 25521595 PMC4303329 · DOI
  69. Kelstrup C. D.; Jersie-Christensen R. R.; Batth T. S.; Arrey T. N.; Kuehn A.; Kellmann M.; Olsen J. V. J. Proteome Res. 2014, 13, 6187– 6195. 10.1021/pr500985w. 25349961 · DOI
  70. Scheltema R. A.; Hauschild J.-P.; Lange O.; Hornburg D.; Denisov E.; Damoc E.; Kuehn A.; Makarov A.; Mann M. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 3698– 3708. 10.1074/mcp.M114.043489. 25360005 PMC4256516 · DOI
  71. Beck S.; Michalski A.; Raether O.; Lubeck M.; Kaspar S.; Goedecke N.; Baessmann C.; Hornburg D.; Meier F.; Paron I.; Kulak N. A.; Cox J.; Mann M. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 2014– 2029. 10.1074/mcp.M114.047407. 25991688 PMC4587313 · DOI
  72. Shaw J. B.; Lin T.-Y.; Tolmachev A. V.; Robinson E. W.; Koppenaal D. W.; Pasa-Toilic L. In The 63rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, St. Louis, MO, May 31–June 4, 2015.
  73. Law K. P.; Lim Y. P. Expert Rev. Proteomics 2013, 10, 551– 566. 10.1586/14789450.2013.858022. 24206228 · DOI
  74. Gallien S.; Duriez E.; Crone C.; Kellmann M.; Moehring T.; Domon B. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1709– 1723. 10.1074/mcp.O112.019802. 22962056 PMC3518128 · DOI · Paper page
  75. Gillet L. C.; Navarro P.; Tate S.; Röst H.; Selevsek N.; Reiter L.; Bonner R.; Aebersold R. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, O111.016717 10.1074/mcp.O111.016717. PMC3433915 22261725 · DOI · Paper page
  76. Weisbrod C. R.; Eng J. K.; Hoopmann M. R.; Baker T.; Bruce J. E. J. Proteome Res. 2012, 11, 1621– 1632. 10.1021/pr2008175. 22288382 PMC3319072 · DOI
  77. Egertson J. D.; Kuehn A.; Merrihew G. E.; Bateman N. W.; MacLean B. X.; Ting Y. S.; Canterbury J. D.; Marsh D. M.; Kellmann M.; Zabrouskov V.; Wu C. C.; MacCoss M. J. Nat. Methods 2013, 10, 744– 746. 10.1038/nmeth.2528. 23793237 PMC3881977 · DOI
  78. Collins B. C.; Gillet L. C.; Rosenberger G.; Röst H. L.; Vichalkovski A.; Gstaiger M.; Aebersold R. Nat. Methods 2013, 10, 1246– 1253. 10.1038/nmeth.2703. 24162925 · DOI · Paper page
  79. Parker B. L.; Yang G.; Humphrey S. J.; Chaudhuri R.; Ma X.; Peterman S.; James D. E. Sci. Signaling 2015, 8, rs6 10.1126/scisignal.aaa3139. 26060331 · DOI
  80. Rardin M. J.; Schilling B.; Cheng L.-Y.; MacLean B. X.; Sorenson D. J.; Sahu A. K.; MacCoss M. J.; Vitek O.; Gibson B. W. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 2405– 2419. 10.1074/mcp.O115.048181. 25987414 PMC4563724 · DOI
  81. Distler U.; Kuharev J.; Navarro P.; Levin Y.; Schild H.; Tenzer S. Nat. Methods 2014, 11, 167– 170. 10.1038/nmeth.2767. 24336358 · DOI
  82. Distler U.; Schmeisser M. J.; Pelosi A.; Reim D.; Kuharev J.; Weiczner R.; Baumgart J.; Boeckers T. M.; Nitsch R.; Vogt J.; Tenzer S. Proteomics 2014, 14, 2607– 2613. 10.1002/pmic.201300520. 25211037 · DOI
  83. de Graaf E. L.; Kaplon J.; Mohammed S.; Vereijken L. A. M.; Duarte D. P.; Redondo Gallego L.; Heck A. J. R.; Peeper D. S.; Altelaar A. F. M. J. Proteome Res. 2015, 14, 2906– 2914. 10.1021/acs.jproteome.5b00236. 26011226 · DOI
  84. Bauer M.; Ahrné E.; Baron A. P.; Glatter T.; Fava L. L.; Santamaria A.; Nigg E. A.; Schmidt A. J. Proteome Res. 2014, 13, 5973– 5988. 10.1021/pr500860c. 25330945 · DOI
  85. Narumi R.; Murakami T.; Kuga T.; Adachi J.; Shiromizu T.; Muraoka S.; Kume H.; Kodera Y.; Matsumoto M.; Nakayama K.; Miyamoto Y.; Ishitobi M.; Inaji H.; Kato K.; Tomonaga T. J. Proteome Res. 2012, 11, 5311– 5322. 10.1021/pr3005474. 22985185 · DOI
  86. Graumann J.; Scheltema R. A.; Zhang Y.; Cox J.; Mann M. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111.013185 10.1074/mcp.M111.013185. PMC3316723 22171319 · DOI
  87. Bailey D. J.; McDevitt M. T.; Westphall M. S.; Pagliarini D. J.; Coon J. J. J. Proteome Res. 2014, 13, 2152– 2161. 10.1021/pr401278j. 24611583 PMC3983381 · DOI
  88. Prakash A.; Peterman S.; Ahmad S.; Sarracino D.; Frewen B.; Vogelsang M.; Byram G.; Krastins B.; Vadali G.; Lopez M. J. Proteome Res. 2014, 13, 5415– 5430. 10.1021/pr5003017. 25244318 · DOI
  89. Tsou C.-C.; Avtonomov D.; Larsen B.; Tucholska M.; Choi H.; Gingras A.-C.; Nesvizhskii A. I. Nat. Methods 2015, 12, 258– 264. 10.1038/nmeth.3255. 25599550 PMC4399776 · DOI
  90. Pak H.; Nikitin F.; Gluck F.; Lisacek F.; Scherl A.; Muller M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 1862– 1871. 10.1007/s13361-013-0720-z. 24006250 · DOI
  91. Röst H. L.; Rosenberger G.; Navarro P.; Gillet L.; Miladinović S. M.; Schubert O. T.; Wolski W.; Collins B. C.; Malmström J.; Malmström L.; Aebersold R. Nat. Biotechnol. 2014, 32, 219– 223. 10.1038/nbt.2841. 24727770 · DOI
  92. Sharma K.; D’Souza R. C. J.; Tyanova S.; Schaab C.; Wiśniewski J. R.; Cox J.; Mann M. Cell Rep. 2014, 8, 1583– 1594. 10.1016/j.celrep.2014.07.036. 25159151 · DOI
  93. Humphrey S. J.; Yang G.; Yang P.; Fazakerley D. J.; Stöckli J.; Yang J. Y.; James D. E. Cell Metab. 2013, 17, 1009– 1020. 10.1016/j.cmet.2013.04.010. 23684622 PMC3690479 · DOI
  94. Lundby A.; Secher A.; Lage K.; Nordsborg N. B.; Dmytriyev A.; Lundby C.; Olsen J. V. Nat. Commun. 2012, 3, 876 10.1038/ncomms1871. 22673903 PMC3621391 · DOI
  95. Huttlin E. L.; Jedrychowski M. P.; Elias J. E.; Goswami T.; Rad R.; Beausoleil S. A.; Villén J.; Haas W.; Sowa M. E.; Gygi S. P. Cell 2010, 143, 1174– 1189. 10.1016/j.cell.2010.12.001. 21183079 PMC3035969 · DOI · Paper page
  96. Rigbolt K. T. G.; Prokhorova T. A.; Akimov V.; Henningsen J.; Johansen P. T.; Kratchmarova I.; Kassem M.; Mann M.; Olsen J. V.; Blagoev B. Sci. Signaling 2011, 4, rs3 10.1126/scisignal.2001570. 21406692 · DOI · Paper page
  97. de Graaf E. L.; Giansanti P.; Altelaar A. F. M.; Heck A. J. R. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 2426– 2434. 10.1074/mcp.O113.036608. 24850871 PMC4159659 · DOI
  98. Humphrey S. J.; Azimifar S. B.; Mann M. Nat. Biotechnol. 2015, 33, 990– 995. 10.1038/nbt.3327. 26280412 · DOI
  99. Richardson B. M.; Soderblom E. J.; Thompson J. W.; Moseley M. A. J. Biomol. Technol. 2013, 24, 8– 16. 10.7171/jbt.13-2401-002. PMC3533261 23542237 · DOI
  100. Tape C. J.; Worboys J. D.; Sinclair J.; Gourlay R.; Vogt J.; McMahon K. M.; Trost M.; Lauffenburger D. A.; Lamont D. J.; Jørgensen C. Anal. Chem. 2014, 86, 10296– 10302. 10.1021/ac5025842. 25233145 PMC4206527 · DOI
  101. Krahmer J.; Hindle M. M.; Martin S. F.; Le Bihan T.; Millar A. J. Methods Enzymol. 2015, 551, 405– 431. 10.1016/bs.mie.2014.10.022. 25662467 PMC4427183 · DOI
  102. Lee J. H.; Hyung S.-W.; Mun D.-G.; Jung H.-J.; Kim H.; Lee H.; Kim S.-J.; Park K. S.; Moore R. J.; Smith R. D.; Lee S.-W. J. Proteome Res. 2012, 11, 4373– 4381. 10.1021/pr3004166. 22709424 PMC3412908 · DOI
  103. Zarei M.; Sprenger A.; Gretzmeier C.; Dengjel J. J. Proteome Res. 2013, 12, 5989– 5995. 10.1021/pr4007969. 24144214 · DOI
  104. Han D.; Jin J.; Yu J.; Kim K.; Kim Y. Proteomics 2015, 15, 618– 623. 10.1002/pmic.201400102. 25159016 · DOI
  105. Merrill A. E.; Coon J. J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2013, 17, 779– 786. 10.1016/j.cbpa.2013.06.011. 23835517 PMC3823833 · DOI
  106. Cox J.; Mann M. Annu. Rev. Biochem. 2011, 80, 273– 299. 10.1146/annurev-biochem-061308-093216. 21548781 · DOI · Paper page
  107. Bantscheff M.; Lemeer S.; Savitski M. M.; Kuster B. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 404, 939– 965. 10.1007/s00216-012-6203-4. 22772140 · DOI · Paper page
  108. Rauniyar N.; Yates J. R. J. Proteome Res. 2014, 13, 5293– 5309. 10.1021/pr500880b. 25337643 PMC4261935 · DOI
  109. Shenoy A.; Geiger T. Super-SILAC: current trends and future perspectives. Expert Rev. Proteomics 2015, 12, 13 10.1586/14789450.2015.982538. 25404501 · DOI
  110. Zanivan S.; Meves A.; Behrendt K.; Schoof E. M.; Neilson L. J.; Cox J.; Tang H. R.; Kalna G.; van Ree J. H.; van Deursen J. M.; Trempus C. S.; Machesky L. M.; Linding R.; Wickström S. A.; Fässler R.; Mann M. Cell Rep. 2013, 3, 552– 566. 10.1016/j.celrep.2013.01.003. 23375375 · DOI
  111. Schweppe D. K.; Rigas J. R.; Gerber S. A. J. Proteomics 2013, 91, 286– 296. 10.1016/j.jprot.2013.07.023. 23911959 PMC3825743 · DOI
  112. Monetti M.; Nagaraj N.; Sharma K.; Mann M. Nat. Methods 2011, 8, 655– 658. 10.1038/nmeth.1647. 21743459 · DOI
  113. Oppermann F. S.; Klammer M.; Bobe C.; Cox J.; Schaab C.; Tebbe A.; Daub H. J. Proteome Res. 2013, 12, 4089– 4100. 10.1021/pr400417g. 23898821 · DOI
  114. Wilson-Grady J. T.; Haas W.; Gygi S. P. Methods 2013, 61, 277– 286. 10.1016/j.ymeth.2013.03.031. 23567750 · DOI
  115. Tsai C.-F.; Wang Y.-T.; Yen H.-Y.; Tsou C.-C.; Ku W.-C.; Lin P.-Y.; Chen H.-Y.; Nesvizhskii A. I.; Ishihama Y.; Chen Y.-J. Nat. Commun. 2015, 6, 6622 10.1038/ncomms7622. 25814448 PMC4389224 · DOI
  116. Kettenbach A. N.; Sano H.; Keller S. R.; Lienhard G. E.; Gerber S. A. J. Proteomics 2015, 114, 48– 60. 10.1016/j.jprot.2014.11.001. 25463755 PMC4289458 · DOI
  117. Werner T.; Becher I.; Sweetman G.; Doce C.; Savitski M. M.; Bantscheff M. Anal. Chem. 2012, 84, 7188– 7194. 10.1021/ac301553x. 22881393 · DOI
  118. McAlister G. C.; Huttlin E. L.; Haas W.; Ting L.; Jedrychowski M. P.; Rogers J. C.; Kuhn K.; Pike I.; Grothe R. A.; Blethrow J. D.; Gygi S. P. Anal. Chem. 2012, 84, 7469– 7478. 10.1021/ac301572t. 22880955 PMC3715028 · DOI · Paper page
  119. Paulo J. A.; McAllister F. E.; Everley R. A.; Beausoleil S. A.; Banks A. S.; Gygi S. P. Proteomics 2015, 15, 462– 473. 10.1002/pmic.201400154. 25195567 PMC4515953 · DOI
  120. Glibert P.; Meert P.; Van Steendam K.; Van Nieuwerburgh F.; De Coninck D.; Martens L.; Dhaenens M.; Deforce D. J. Proteome Res. 2015, 14, 839– 849. 10.1021/pr500889v. 25510630 · DOI
  121. Curran T. G.; Zhang Y.; Ma D. J.; Sarkaria J. N.; White F. M. Nat. Commun. 2015, 6, 5924 10.1038/ncomms6924. 25581283 PMC4293043 · DOI
  122. Mertins P.; Udeshi N. D.; Clauser K. R.; Mani D. R.; Patel J.; Ong S.; Jaffe J. D.; Carr S. A. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111.014423 10.1074/mcp.M111.014423. PMC3433912 22210691 · DOI
  123. Wenger C. D.; Lee M. V.; Hebert A. S.; McAlister G. C.; Phanstiel D. H.; Westphall M. S.; Coon J. J. Nat. Methods 2011, 8, 933– 935. 10.1038/nmeth.1716. 21963608 PMC3205195 · DOI
  124. McAlister G. C.; Nusinow D. P.; Jedrychowski M. P.; Wühr M.; Huttlin E. L.; Erickson B. K.; Rad R.; Haas W.; Gygi S. P. Anal. Chem. 2014, 86, 7150– 7158. 10.1021/ac502040v. 24927332 PMC4215866 · DOI · Paper page
  125. Hebert A. S.; Merrill A. E.; Bailey D. J.; Still A. J.; Westphall M. S.; Strieter E. R.; Pagliarini D. J.; Coon J. J. Nat. Methods 2013, 10, 332– 334. 10.1038/nmeth.2378. 23435260 PMC3612390 · DOI
  126. Merrill A. E.; Hebert A. S.; MacGilvray M. E.; Rose C. M.; Bailey D. J.; Bradley J. C.; Wood W. W.; El Masri M.; Westphall M. S.; Gasch A. P.; Coon J. J. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 2503– 2512. 10.1074/mcp.M114.040287. 24938287 PMC4159665 · DOI
  127. Ulbrich A.; Merrill A. E.; Hebert A. S.; Westphall M. S.; Keller M. P.; Attie A. D.; Coon J. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014, 25, 6– 9. 10.1007/s13361-013-0765-z. 24178922 PMC3880647 · DOI
  128. Hebert A. S.; Merrill A. E.; Stefely J. A.; Bailey D. J.; Wenger C. D.; Westphall M. S.; Pagliarini D. J.; Coon J. J. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3360– 3369. 10.1074/mcp.M113.032011. 23882030 PMC3820946 · DOI
  129. Minogue C. E.; Hebert A. S.; Rensvold J. W.; Westphall M. S.; Pagliarini D. J.; Coon J. J. Anal. Chem. 2015, 87, 2570– 2575. 10.1021/ac503593d. 25621425 PMC4472008 · DOI
  130. Richards A. L.; Vincent C. E.; Guthals A.; Rose C. M.; Westphall M. S.; Bandeira N.; Coon J. J. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3812– 3823. 10.1074/mcp.M113.028951. 24043425 PMC3861726 · DOI
  131. Rhoads T. W.; Rose C. M.; Bailey D. J.; Riley N. M.; Molden R. C.; Nestler A. J.; Merrill A. E.; Smith L. M.; Hebert A. S.; Westphall M. S.; Pagliarini D. J.; Garcia B. A.; Coon J. J. Anal. Chem. 2014, 86, 2314– 2319. 10.1021/ac403579s. 24475910 PMC3983007 · DOI
  132. Rose C. M.; Merrill A. E.; Bailey D. J.; Hebert A. S.; Westphall M. S.; Coon J. J. Anal. Chem. 2013, 85, 5129– 5137. 10.1021/ac400476w. 23638792 PMC3827945 · DOI
  133. Rhoads T. W.; Prasad A.; Kwiecien N. W.; Merrill A. E.; Zawack K.; Westphall M. S.; Schroeder F. C.; Kimble J.; Coon J. J. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 2922 10.1074/mcp.M115.049684. 26392051 PMC4638036 · DOI
  134. Xue L.; Wang P.; Cao P.; Zhu J.-K.; Tao W. A. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 3199– 3210. 10.1074/mcp.O114.038588. 25022875 PMC4223502 · DOI
  135. Molden R. C.; Goya J.; Khan Z.; Garcia B. A. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 1106– 1118. 10.1074/mcp.O113.036145. 24532841 PMC3977188 · DOI
  136. Neilson K. A.; Ali N. A.; Muralidharan S.; Mirzaei M.; Mariani M.; Assadourian G.; Lee A.; van Sluyter S. C.; Haynes P. A. Proteomics 2011, 11, 535– 553. 10.1002/pmic.201000553. 21243637 · DOI
  137. Schilling B.; Rardin M. J.; MacLean B. X.; Zawadzka A. M.; Frewen B. E.; Cusack M. P.; Sorensen D. J.; Bereman M. S.; Jing E.; Wu C. C.; Verdin E.; Kahn C. R.; Maccoss M. J.; Gibson B. W. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 202– 214. 10.1074/mcp.M112.017707. 22454539 PMC3418851 · DOI
  138. Cox J.; Hein M. Y.; Luber C. A.; Paron I.; Nagaraj N.; Mann M. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 2513– 2526. 10.1074/mcp.M113.031591. 24942700 PMC4159666 · DOI · Paper page
  139. Zhang Y.; Wen Z.; Washburn M. P.; Florens L. Anal. Chem. 2015, 87, 4749– 4756. 10.1021/ac504740p. 25839423 · DOI
  140. Webb-Robertson B.-J. M.; Wiberg H. K.; Matzke M. M.; Brown J. N.; Wang J.; McDermott J. E.; Smith R. D.; Rodland K. D.; Metz T. O.; Pounds J. G.; Waters K. M. J. Proteome Res. 2015, 14, 1993– 2001. 10.1021/pr501138h. 25855118 PMC4776766 · DOI · Paper page
  141. Egelhofer V.; Hoehenwarter W.; Lyon D.; Weckwerth W.; Wienkoop S. Nat. Protoc. 2013, 8, 595– 601. 10.1038/nprot.2013.013. 23449253 · DOI
  142. Sandin M.; Ali A.; Hansson K.; Mansson O.; Andreasson E.; Resjo S.; Levander F. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 1407– 1420. 10.1074/mcp.O112.021907. 23306530 PMC3650348 · DOI
  143. Cox J.; Mann M. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1367– 1372. 10.1038/nbt.1511. 19029910 · DOI · Paper page
  144. Kauko O.; Laajala T. D.; Jumppanen M.; Hintsanen P.; Suni V.; Haapaniemi P.; Corthals G.; Aittokallio T.; Westermarck J.; Imanishi S. Y. Sci. Rep. 2015, 5, 13099 10.1038/srep13099. 26278961 PMC4642524 · DOI · Paper page
  145. Boersema P. J.; Mohammed S.; Heck A. J. R. J. Mass Spectrom. 2009, 44, 861– 878. 10.1002/jms.1599. 19504542 · DOI
  146. Stensballe A.; Jensen O. N.; Olsen J. V.; Haselmann K. F.; Zubarev R. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1793– 1800. 10.1002/1097-0231(20001015)14:19<1793::AID-RCM95>3.0.CO;2-Q. 11006587 · DOI
  147. Crowe M. C.; Brodbelt J. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1581– 1592. 10.1016/j.jasms.2004.07.016. 15519225 · DOI
  148. Syka J. E. P.; Coon J. J.; Schroeder M. J.; Shabanowitz J.; Hunt D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 9528– 9533. 10.1073/pnas.0402700101. 15210983 PMC470779 · DOI · Paper page
  149. Diedrich J. K.; Julian R. R. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 12212– 12213. 10.1021/ja8023719. 18710237 · DOI
  150. Kim T.-Y.; Reilly J. P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 2334– 2341. 10.1016/j.jasms.2009.08.021. 19819166 · DOI
  151. Kalcic C. L.; Gunaratne T. C.; Jones A. D.; Dantus M.; Reid G. E. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 940– 942. 10.1021/ja8089119. 19128059 · DOI
  152. Misharin A. S.; Silivra O. A.; Kjeldsen F.; Zubarev R. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 2163– 2171. 10.1002/rcm.2038. 15988733 · DOI
  153. Berkout V. D.; Doroshenko V. M. Int. J. Mass Spectrom. 2008, 278, 150– 157. 10.1016/j.ijms.2008.04.019. 19956340 PMC2598758 · DOI
  154. Smith S. A.; Kalcic C. L.; Safran K. A.; Stemmer P. M.; Dantus M.; Reid G. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 2031– 2040. 10.1016/j.jasms.2010.08.016. 20888783 · DOI
  155. Cui L.; Reid G. E. Proteomics 2013, 13, 964– 973. 10.1002/pmic.201200384. 23335301 · DOI
  156. Brown R.; Stuart S. S.; Houel S.; Ahn N. G.; Old W. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2015, 26, 1128– 1142. 10.1007/s13361-015-1109-y. 25851653 PMC4509682 · DOI
  157. Lanucara F.; Lee D. C. H.; Eyers C. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014, 25, 214– 225. 10.1007/s13361-013-0770-2. 24297471 PMC3899453 · DOI
  158. Rayapuram N.; Bonhomme L.; Bigeard J.; Haddadou K.; Przybylski C.; Hirt H.; Pflieger D. J. Proteome Res. 2014, 13, 2137– 2151. 10.1021/pr401268v. 24601666 · DOI
  159. Collins M. O.; Wright J. C.; Jones M.; Rayner J. C.; Choudhary J. S. J. Proteomics 2014, 103, 1– 14. 10.1016/j.jprot.2014.03.010. 24657495 PMC4047622 · DOI
  160. Wiese H.; Kuhlmann K.; Wiese S.; Stoepel N. S.; Pawlas M.; Meyer H. E.; Stephan C.; Eisenacher M.; Drepper F.; Warscheid B. J. Proteome Res. 2014, 13, 1128 10.1021/pr400402s. 24364495 · DOI
  161. Bailey D. J.; Rose C. M.; McAlister G. C.; Brumbaugh J.; Yu P.; Wenger C. D.; Westphall M. S.; Thomson J. A.; Coon J. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 8411– 8416. 10.1073/pnas.1205292109. 22586074 PMC3365209 · DOI
  162. Sarbu M.; Ghiulai R. M.; Zamfir A. D. Amino Acids 2014, 46, 1625– 1634. 10.1007/s00726-014-1726-y. 24687149 · DOI
  163. Coon J. J. Anal. Chem. 2009, 81, 3208– 3215. 10.1021/ac802330b. 19364119 PMC2714553 · DOI
  164. Kim M.-S.; Pandey A. Proteomics 2012, 12, 530– 542. 10.1002/pmic.201100517. 22246976 PMC3664229 · DOI
  165. Earley L.; Anderson L. C.; Bai D. L.; Mullen C.; Syka J. E. P.; English A. M.; Dunyach J.-J.; Stafford G. C.; Shabanowitz J.; Hunt D. F.; Compton P. D. Anal. Chem. 2013, 85, 8385– 8390. 10.1021/ac401783f. 23909443 PMC3822909 · DOI
  166. Ledvina A. R.; Rose C. M.; McAlister G. C.; Syka J. E. P.; Westphall M. S.; Griep-Raming J.; Schwartz J. C.; Coon J. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 1623– 1633. 10.1007/s13361-013-0621-1. 23677544 PMC3776012 · DOI
  167. Shaffer C. J.; Slováková K.; Tureček F. Int. J. Mass Spectrom. 2015, 10.1016/j.ijms.2015.05.009. 25800183 · DOI
  168. Swaney D. L.; McAlister G. C.; Wirtala M.; Schwartz J. C.; Syka J. E. P.; Coon J. J. Anal. Chem. 2007, 79, 477– 485. 10.1021/ac061457f. 17222010 PMC2522365 · DOI
  169. Liu C.-W.; Lai C.-C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 57– 66. 10.1007/s13361-010-0020-9. 21472544 · DOI
  170. Domon B.; Bodenmiller B.; Carapito C.; Hao Z.; Huehmer A.; Aebersold R. J. Proteome Res. 2009, 8, 2633– 2639. 10.1021/pr800834e. 19435317 · DOI
  171. Frese C. K.; Altelaar A. F. M.; van den Toorn H.; Nolting D.; Griep-Raming J.; Heck A. J. R.; Mohammed S. Anal. Chem. 2012, 84, 9668– 9673. 10.1021/ac3025366. 23106539 · DOI
  172. Frese C. K.; Zhou H.; Taus T.; Altelaar A. F. M.; Mechtler K.; Heck A. J. R.; Mohammed S. J. Proteome Res. 2013, 12, 1520– 1525. 10.1021/pr301130k. 23347405 PMC3588588 · DOI
  173. Mommen G. P. M.; Frese C. K.; Meiring H. D.; van Gaans-van den Brink J.; de Jong A. P. J. M.; van Els C. A. C. M.; Heck A. J. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014, 111, 4507– 4512. 10.1073/pnas.1321458111. 24616531 PMC3970485 · DOI
  174. Brunner A. M.; Lossl P.; Liu F.; Huguet R.; Mullen C.; Yamashita M.; Zabrouskov V.; Makarov A.; Altelaar A. F. M.; Heck A. J. R. Anal. Chem. 2015, 87, 4152– 4158. 10.1021/acs.analchem.5b00162. 25803405 · DOI
  175. Riley N. M.; Westphall M. S.; Coon J. J. Anal. Chem. 2015, 87, 7109– 7116. 10.1021/acs.analchem.5b00881. 26067513 PMC9488116 · DOI
  176. Shaw J. B.; Li W.; Holden D. D.; Zhang Y.; Griep-Raming J.; Fellers R. T.; Early B. P.; Thomas P. M.; Kelleher N. L.; Brodbelt J. S. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 12646– 12651. 10.1021/ja4029654. 23697802 PMC3757099 · DOI · Paper page
  177. Cannon J. R.; Holden D. D.; Brodbelt J. S. Anal. Chem. 2014, 86, 10970– 10977. 10.1021/ac5036082. 25270663 PMC4222623 · DOI
  178. Madsen J. A.; Kaoud T. S.; Dalby K. N.; Brodbelt J. S. Proteomics 2011, 11, 1329– 1334. 10.1002/pmic.201000565. 21365762 PMC3108056 · DOI
  179. Shaw J. B.; Madsen J. A.; Xu H.; Brodbelt J. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 1707– 1715. 10.1007/s13361-012-0424-9. 22895858 PMC4460832 · DOI
  180. Smith S. A.; Kalcic C. L.; Cui L.; Reid G. E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2013, 27, 2807– 2817. 10.1002/rcm.6750. 24214867 · DOI
  181. Huzarska M.; Ugalde I.; Kaplan D. A.; Hartmer R.; Easterling M. L.; Polfer N. C. Anal. Chem. 2010, 82, 2873– 2878. 10.1021/ac9028592. 20210298 · DOI
  182. Yoo H. J.; Wang N.; Zhuang S.; Song H.; Håkansson K. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 16790– 16793. 10.1021/ja207736y. 21942568 · DOI
  183. Riley N. M.; Rush M. J. P.; Rose C. M.; Richards A. L.; Kwiecien N. W.; Bailey D. J.; Hebert A. S.; Westphall M. S.; Coon J. J. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 2644– 2660. 10.1074/mcp.M115.049726. 26193884 PMC4597142 · DOI
  184. Robinson M. R.; Moore K. L.; Brodbelt J. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014, 25, 1461– 1471. 10.1007/s13361-014-0910-3. 24845354 PMC4108549 · DOI
  185. Flora J. W.; Muddiman D. C. Anal. Chem. 2001, 73, 3305– 3311. 10.1021/ac010333u. 11476230 · DOI
  186. Gunawardena H. P.; Emory J. F.; McLuckey S. A. Anal. Chem. 2006, 78, 3788– 3793. 10.1021/ac060164j. 16737238 PMC2575743 · DOI
  187. Nagaraj N.; D’Souza R. C. J.; Cox J.; Olsen J. V.; Mann M. J. Proteome Res. 2010, 9, 6786– 6794. 10.1021/pr100637q. 20873877 · DOI
  188. Marx H.; Lemeer S.; Schliep J. E.; Matheron L.; Mohammed S.; Cox J.; Mann M.; Heck A. J. R.; Kuster B. Nat. Biotechnol. 2013, 31, 557– 564. 10.1038/nbt.2585. 23685481 · DOI
  189. Hu Y.; Lam H. J. Proteome Res. 2013, 12, 5971– 5977. 10.1021/pr4007443. 24125593 · DOI
  190. Suni V.; Imanishi S. Y.; Maiolica A.; Aebersold R.; Corthals G. L. J. Proteome Res. 2015, 14, 2348– 2359. 10.1021/acs.jproteome.5b00050. 25774671 · DOI
  191. Schubert O. T.; Gillet L. C.; Collins B. C.; Navarro P.; Rosenberger G.; Wolski W. E.; Lam H.; Amodei D.; Mallick P.; MacLean B.; Aebersold R. Nat. Protoc. 2015, 10, 426– 441. 10.1038/nprot.2015.015. 25675208 · DOI
  192. Taus T.; Köcher T.; Pichler P.; Paschke C.; Schmidt A.; Henrich C.; Mechtler K. J. Proteome Res. 2011, 10, 5354– 5362. 10.1021/pr200611n. 22073976 · DOI
  193. Beausoleil S. A.; Villén J.; Gerber S. A.; Rush J.; Gygi S. P. Nat. Biotechnol. 2006, 24, 1285– 1292. 10.1038/nbt1240. 16964243 · DOI · Paper page
  194. Savitski M. M.; Lemeer S.; Boesche M.; Lang M.; Mathieson T.; Bantscheff M.; Kuster B. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110.003830 10.1074/mcp.M110.003830. PMC3033680 21057138 · DOI
  195. Vaudel M.; Breiter D.; Beck F.; Rahnenführer J.; Martens L.; Zahedi R. P. Proteomics 2013, 13, 1036– 1041. 10.1002/pmic.201200408. 23307401 · DOI
  196. Fermin D.; Walmsley S. J.; Gingras A.-C.; Choi H.; Nesvizhskii A. I. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3409– 3419. 10.1074/mcp.M113.028928. 23918812 PMC3820951 · DOI
  197. Saeed F.; Pisitkun T.; Hoffert J. D.; Rashidian S.; Wang G.; Gucek M.; Knepper M. A. Proteome Sci. 2013, 11, S14 10.1186/1477-5956-11-S1-S14. 24565028 PMC3909108 · DOI
  198. Chick J. M.; Kolippakkam D.; Nusinow D. P.; Zhai B.; Rad R.; Huttlin E. L.; Gygi S. P. Nat. Biotechnol. 2015, 33, 743– 749. 10.1038/nbt.3267. 26076430 PMC4515955 · DOI
  199. Shortreed M. R.; Wenger C. D.; Frey B. L.; Sheynkman G. M.; Scalf M.; Keller M. P.; Attie A. D.; Smith L. M. J. Proteome Res. 2015, 14, 4714 10.1021/acs.jproteome.5b00599. 26418581 PMC4642219 · DOI
  200. Söderholm S.; Hintsanen P.; Ohman T.; Aittokallio T.; Nyman T. A. Proteome Sci. 2014, 12, 36 10.1186/1477-5956-12-36. 25028575 PMC4098950 · DOI

200 of 275 shown

Cited by

Sorted by citations

Authors
Riley, N. M., & Coon, J. J.
Affiliations
University of Wisconsin–Madison (US)
Corresponding author
Coon, Joshua J.
ORCID
Venue
Analytical Chemistry
Publisher
American Chemical Society (ACS)
Published
2015-11-05
Volume
88
Issue
1
Pages
74-94
ISSN
  • 0003-2700 (ISSN-L)
  • 1520-6882
DOI
10.1021/acs.analchem.5b04123
PMC
PMC4790442
OpenAlex
W1934555946
Cited by
265
References
10
Citations by year
2026: 15 · 2025: 22 · 2024: 17 · 2023: 21 · 2022: 27 · 2021: 24 · 2020: 33 · 2019: 28 · 2018: 30 · 2017: 27 · 2016: 19 · 2015: 1 · 2013: 1
FWCI
2.45
Type
journal article
Language
en
Open access
Licence
Locations
  • Analytical Chemistry (publishedVersion, other-oa)
  • Europe PMC (PubMed Central) (publishedVersion)
  • PubMed Central (publishedVersion)
  • PubMed (publishedVersion)
Funders
National Institute of General Medical Sciences (R01 GM080148, R01 GM114122)
Topics
  • Physical Sciences › Chemistry › Spectroscopy › Advanced Proteomics Techniques and Applications
  • Life Sciences › Biochemistry, Genetics and Molecular Biology › Molecular Biology › Advanced Biosensing Techniques and Applications
  • Life Sciences › Biochemistry, Genetics and Molecular Biology › Molecular Biology › Redox biology and oxidative stress
Keywords
phosphoproteomics, post-translational modification, protein phosphorylation, phosphopeptide identification
MeSH terms
Humans, Phosphopeptides, Mass Spectrometry, Proteome, Proteomics

About these checks

Registry, retraction, Cites and statistics results are computed, not judged, with one exception: a printed reference that no index lists is read once by a model before it counts as a citation error. Claims are extracted by a model and kept only when their quote appears verbatim in the text; each cited source is then checked, with a model’s help, for whether it says what the claim relies on. Those verdicts can be wrong — read the claim’s quote and the cited source before relying on one.

Statistics and arithmetic are recomputed, not judged.

Confidence bands are shown only for fields calibrated on our annotated test set. None is calibrated yet, so no band is shown.

What counts as a claim ›How we measure confidence ›How we check this ›

Are you an author, or do you see a problem with this page? Request a review